Caso seja necessário excluir uma categoria pois a mesma não está sendo utilizada na loja, siga estes passos:
1 – Na barra lateral vá para Produtos –> Categorias.
2 – Selecione a categoria que deseja excluir –> Selecione ações em massa “Excluir” –> aplicar.
Após realizar estes passos a categoria será excluída e não será mais exibida na loja. Caso ainda não tenha sido excluída, realize a limpeza do cache.